L’ADNe au service de la connaissance

Afin d’optimiser les chances de détection de la lamproie marine MRM réalise depuis 2016 des prélèvements ADNe puis très rapidement, des prélèvements supplémentaires ont été effectués pour détecter la présence de l’alose sur des secteurs non prospectés par le biais d’autres études.

Les premiers retours d’expérience de ces échantillons sont positifs. Ce type d’échantillonnage se veut complémentaire aux autres suivis mis en place dans le cadre du PLAGEPOMI et à échelle plus locale. Il est fortement pressenti pour intégrer la stratégie de suivi du futur PLAGEPOMI 2022 2027 qui est actuellement en construction.

Mais l’ADNe …Qu’est-ce que c’est ?

La technique dite de « l’ADN environnemental » repose sur le concept connu que les êtres vivants laissent toujours des traces de leur passage. Souvent il s’agira d’empreintes, de fèces, d’urine, de poils, de mucus mais aussi d’œufs, ou de cellules issues de la décomposition…Dans chaque produit du corps rejeté se trouve l’ADN de l’individu émetteur. Dans les milieux aquatiques, l’ADNe persiste et est détectable durant 1 à 25 jours après sa libération.

L’idée est de collecter et analyser divers échantillons de l’environnement de vie de l’espèce afin de vérifier sa présence. L’ADNe est une technique relativement récente qui tend à se développer notamment pour détecter les espèces rares ou difficilement détectables.

Comment se font les prélèvements ?

Nos équipes échantillonnent le cours d’eau pendant 30 minutes avec un collecteur composé d’un tuyau, relié à un filtre dans lequel s’accumulent les particules de tailles supérieures à 0,45μm. L’autre extrémité est immergée dans le cours d’eau à proximité du fond. Les résidus filtrés sont ensuite mis en suspension dans la capsule du filtre grâce à une solution tampon.
Les prélèvements sont effectués selon un protocole fourni par le laboratoire Spygen. Les échantillons leur sont retournés pour traitement et analyse.

Une première phase pilote pour la lamproie marine…

En 2016, MRM a mis en place une phase pilote pour d’optimiser les chances de détection de la lamproie marine, dont la présence se révèle très rare sur notre bassin.
Cette technique n’avait jusqu’à présent pas été utilisée en France pour détecter la Lamproie marine. Il a donc fallu dans un premier temps calibrer la détection de cette espèce et réaliser les premiers échantillonnages sur le bassin RM.
Au préalable, afin de séquencer l’espèce ou le groupe d’espèce (condition indispensable à la méthode utilisée), MRM a envoyé des fragments de tissus de 3 lamproies méditerranéennes et 3 fragments de lamproies de la façade atlantique à SPYGEN.

Pour la phase d’échantillonnage, nous avons travaillé en partenariat avec LOGRAMI, association migrateur du bassin de la Loire, bassin versant accueillant actuellement la plus grosse population de Lamproie marine en France.

Sur ce territoire, 3 sites avec des abondances normalement différentes ont été échantillonnés pour établir une calibration de la détection de l’ADN de Lamproie marine. Les échantillonnages sur le bassin RM ont quant à eux été réalisés sur le Gardon et sur l’Aude.
L’outil ADNe s’est révélé efficace puisque des lamproies ont été détectées lors des échantillonnages réalisés sur le bassin de la Vienne.
Malheureusement à ce jour, les prélèvements ADNe effectués sur nos cours d’eau méditerranéens n’ont pas permis de détecter la présence de la lamproie.

Et pour l’alose ?

L’ADNe sur notre bassin peut être utilisé de multiples façons afin de répondre aux problématiques actuelles. Dans le cas de l’alose feinte de Méditerranée :
– Créer également une veille en maximisant les chances d’observations sur certains fleuves côtiers et secteurs amont des zones d’action prioritaire
– Appréhender la fonctionnalité de la continuité écologique et la reconquête des milieux
– Appréhender les fronts de migration de l’espèce

La montaison des aloses débute au mois de mars. La migration et la reproduction sur des zones de fraies est suivi au travers des suivis de pêcherie amateur à la ligne et du suivi de la reproduction porté par MRM depuis la fin des années 90. Si ces deux suivis sont complémentaires (le suivi de la pêcherie permet d’obtenir une CPUE sur un site donné et couvre un nombre de site plus important que le suivi de la reproduction. Celui-ci permet d’obtenir un nombre de bulls observés sur un site donné au cours de la saison), ils ne permettent pas de couvrir l’ensemble du territoire. Il est impossible de suivre l’ensemble des frayères actives sur l’ensemble du territoire, et le suivi de la pêcherie repose sur la participation citoyenne. Or, les sites les plus amonts de l’aire de colonisation des aloses ne sont pas pratiqués par nos pêcheurs. De plus, le suivi de la reproduction est chronophage & couteux.

L’outil ADNe se révèle également intéressant en complément des suivis déjà mis en place pour appréhender le front de colonisation des espèces, et notamment dans le cas de l’alose.

Que dit l’ADNe ?

Pour en savoir plus

la Lamproie marine
l’Alose

Consulter nos rapports d’études