Recrutement

Etudes des populations de lamproies sur le bassin Rhône-Méditerranée

(stage de 4 mois à partir de mars 2020)

Objectifs & déroulement du stage

Sous l’encadrement du technicien responsable de l’étude, du chargé d’études et du directeur technique de l’Association, les missions du stagiaire consisteront à :

• Planifier l'organisation générale des différentes étapes de la campagne 2020  ;
• Identifier de nouveaux contacts clés sur les zones géographiques à enjeux  ;
• Réaliser les enquêtes téléphoniques auprès des criées, prud’homies, pêcheurs professionnels et autres acteurs potentiels identifiés durant les précédentes campagnes durant toute la période de présence potentielle des lamproies en zones transitoires (frange littorale, embouchures et lagunes) c’est-à-dire de mars à juin  ;
• Participer aux passages réguliers dans les structures intéressées et particulièrement auprès des criées ;
• Récupérer les individus capturés ou récolter les échantillons (tissus adipeux)  ;
• Organiser et participer aux prospections dans le cadre de la veille de l’activité de 
reproduction ;
  
• Participer au suivi des populations de lamproies grâce à l’utilisation de l’ADN environnemental (échantillonnages de différents sites identifiés)  ;
• Assurer la gestion des données recueillies (centralisation, organisation, classement, traitement et analyse)  ;
•  Rédiger un rapport de synthèse et des supports de présentation des résultats


 En fonction du temps disponible et de sa motivation, le stagiaire pourra participer aux autres actions de l’Association MRM et notamment à la distribution des carnets de pêche afin de sensibiliser les pêcheurs à la problématique « Lamproies » sur le Rhône aval ainsi que sur les fleuves côtiers.

Optimisation de méthode de détection d'évènement sonores
pour le suivi de l'Alose feinte du Rhône

Objectifs & déroulement du stage

Le but du stage est d’optimiser des méthodes de détection de sons d’aloses à la surface de l’eau. Le stagiaire pourra d’une part s’appuyer sur des méthodes existantes de détection de l’association ([1-3]), ainsi que d’autres méthodes de détection de son d’eau (par exemple [4]), et d’autre part expérimenter des techniques récentes d’apprentissage profond (Deep Learning) (par exemple [5-7]) en les appliquant à cette tâche. Il pourra également s’appuyer sur les derniers résultats du challenge DCASE (notamment la tâche de détection de sons d’oiseaux,) où des techniques d’augmentation artificielle des données audio (time-stretching, occultation, etc...), et certaines techniques de modélisation (mécanisme d’attention) montrent de très bon résultats. La création d’une librairie informatique pour l’augmentation de donnée pourra être une perspective du stage.

L’objectif final est de comparer les résultats obtenus par différents types de techniques, afin d'identifier une technique robuste qui pourra être embarquée pour une utilisation effective.La robustesse d’une méthode nécessite une grande quantité de données, ce qui fait aujourd’hui défaut à l’Association MRM en termes d’enregistrements de bulls. Pour remédier à cela, il est donc important de mobiliser les autres partenaires réalisant des suivis de la reproduction sur d’autres bassins hydrographiques.

Les grandes étapes du stage pourraient ainsi être :

Optimisation de la méthode de détection automatique des bulls :

• Analyser et comprendre les techniques de traitement du signal audio ([1-4])
• Obtenir des scores de bases avec des techniques de type traitement du signal
• Implémenter des réseau simple d’apprentissage profond
• Obtenir des scores de bases avec des techniques d’apprentissage profond
• Implémenter des réseaux plus complexes
• Améliorations des modèles choisis (augmentation de données, fusion avec des méthodes de traitement du signal)
• Evaluation des différentes méthodes

 Acquisition d’enregistrements supplémentaires : 

• Sollicitation de partenaires de l’Association MRM travaillant sur la reproduction des aloses
• Participation à des suivis nocturnes de la reproduction des aloses avec pose d’enregistreurs

Des déplacements à Arles au sein de l’Association Migrateurs Rhône-Méditerranée seront nécessaires afin d’optimiser l’avancement du stage, se familiariser concrètement avec l’application et participer à des mises en oeuvre terrain de l’enregistrement des bulls (travail de nuit).

Par ailleurs, le stage pourra être valorisé par la publication d’un article scientifique.

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Etude des potentialités de colonisation des lagunes par les poissons migrateurs

Objectifs & déroulement du stage

Sous l’encadrement du technicien responsable de l’étude, du chargé d’études et du directeur de l’Association, les missions du stagiaire consisteront à dresser le diagnostic des conditions de migration de chaque lagune au travers de :

• La mise en place d’un planning pour l'organisation générale des différentes étapes du diagnostic ;
• L’analyse des bases de données et des données bibliographiques et la conception d’une base d’informations relatives aux conditions de migration ;
• L’analyse des éléments cartographiques existants : sites à enjeux comme les graus, embouchures de tributaires, connexions aux marais périphériques… ;
• La rencontre des partenaires locaux pour qu’ils s’approprient la démarche et nous renseignent sur les études/suivis existants ;
• L’observation des conditions de franchissement des sites à enjeux au travers de visites de terrain ;
• La gestion des données recueillies (centralisation, organisation, classement, traitement et analyse) ;
• La réalisation de fiche lagunes ;
• La rédaction d’un rapport de synthèse et des supports de présentation des résultats.

 En fonction du temps disponible et de sa motivation, le stagiaire pourra participer aux autres actions de l’Association MRM sur le Rhône aval ainsi que sur les fleuves côtiers.

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Suivi de la station vidéo-comptage de Sauveterre

Objectifs & déroulement du stage

Sous l’encadrement du technicien responsable de l’étude, du chargé d’études et du directeur technique de l’Association, les missions du stagiaire consisteront à :

• Planifier l'organisation générale des différentes étapes de la campagne 2020 ;
• Participer à l’entretien du dispositif de vidéo-comptage de Sauveterre ;
• Dépouiller les enregistrements récoltés ;
• Analyser les données de passages de poissons migrateurs en lien avec les données environnementales
• Réfléchir à l’optimisation du temps de dépouillement, notamment lors des périodes de fortes montaisons d’anguilles ;
  • Assurer la gestion des données recueillies (centralisation, organisation, classement, traitement et analyse) ;
  • Rédiger un rapport de synthèse et des supports de présentation des résultats


 En fonction du temps disponible et de sa motivation, le stagiaire pourra participer aux autres actions de l’Association MRM et notamment les relèves des passes pièges à anguillettes du Rhône dont la tournée comprend un passage hebdomadaire à Sauveterre pour l’entretien de la passe à poissons et la récupération des enregistrements.

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