Le bassin du Lez est recensé comme zone d’action prioritaire pour l’anguille dans le cadre du plan de gestion national de l'espèce. Le classement des cours d’eau en « liste 1 » concerne le Lez et la Mosson, principaux cours d’eau du bassin.

Afin de définir une réflexion globale sur la continuité biologique du bassin du Lez, le SYBLE a lancé en 2011 une étude globale des ouvrages hydrauliques transversaux en trois phases.

La première phase de cette étude confiée au bureau d’études EGIS EAU, constitue la stratégie de restauration de la continuité écologique sur le bassin versant.
Cette première étape consistait à inventorier les ouvrages du bassin versant et à établir un pré-diagnostic global par ouvrage dans le but d’obtenir un classement des ouvrages. L’inventaire recense 55 ouvrages hydrauliques transversaux situés sur les principales masses d’eau (25 ouvrages sur le Lez, 23 sur la Mosson et 7 sur le Coulazou).
L’analyse de la continuité biologique pour l’anguille fait ressortir que la majorité des seuils (42 seuils) sont franchissables pour l’anguille mais provoquent des retards et des blocages en conditions hydrologiques limitantes.
Pour les autres espèces ciblées (cyprins d’eaux vives, brochets et mulets porcs), la continuité n’est pas assurée sur plus de 30 seuils, classés infranchissables.
Suite à cette expertise, une hiérarchisation a permis d’établir un classement des principaux ouvrages à enjeux écologiques du bassin versant afin de définir la stratégie d’action à l’échelle du bassin.

En 2013, 4 ouvrages sur le Lez ont été étudiés au stade « projet » afin de proposer des équipements adaptés à l’anguille dans la traversée de la ville de Montpellier. Un premier aménagement a également été réalisé sur la Mosson au niveau du seuil de la planche (passe rustique à anguilles).

En 2014, le SYBLE a confié au bureau GRONTMIJ l’étude détaillée des aspects environnementaux, sociologiques et patrimoniaux sur 9 ouvrages prioritaires. La dernière phase de l’étude actuellement en cours consiste ainsi à réaliser des propositions techniques d’aménagement au stade « scénario » accompagnées d’une estimation financière globale.